截至2026年4月，北交所股票交易综合费率由券商佣金、交易经手费、过户费、印花税四部分构成，其中经手费0.125‰双边、过户费0.01‰双边、印花税0.5‰卖出单边，佣金最高0.3‰双边且单笔最低5元，可与券商协商下调。
北交所交易经手费为交易所固定收取，自2023年8月28日起执行0.125‰（万1.25）双边收取标准，该费用由券商代收并包含在佣金内，不单独向投资者收取，相比2022年12月的0.25‰下调50%，相比2021年北交所开市初期的0.5‰累计下调75%，是当前北交所交易成本中不可协商的固定部分。过户费由中国结算收取，按成交金额0.01‰（十万分之一）双向收取，费用极低，10万元成交仅产生1元过户费，几乎可忽略不计。印花税为国家统一征收，仅在卖出股票时按成交金额0.5‰（万5）单边收取，买入不产生，该标准与沪深A股完全一致。
券商佣金是北交所交易中唯一可协商的费用，监管规定最高不超过成交金额0.3‰（万3）双边收取，单笔交易佣金不足5元按5元计收，这是行业统一规则。市场默认佣金多为万3，投资者可通过联系券商客户经理，根据资金量、交易频率申请下调，目前合规低佣可至万1.4至万1.5全佣（含经手费、过户费），部分券商针对高频或大额交易者可申请免5元最低收费，大幅降低小额交易成本。全佣模式更划算，已包含经手费、过户费等规费，净佣则需额外叠加固定费用，协商时务必明确佣金类型。
以10万元北交所股票买卖为例，按默认万3全佣计算，买入成本为佣金30元+经手费12.5元+过户费1元=43.5元；卖出成本为佣金30元+经手费12.5元+过户费1元+印花税50元=93.5元，一买一卖总费用137元。若协商至万1.5全佣，买入成本降至15+12.5+1=28.5元，卖出成本15+12.5+1+50=78.5元，总费用107元，成本降低超20%。高频交易者更需重视佣金协商，长期可显著减少费用侵蚀利润。
北交所费率与沪深交易所存在明显差异，核心在于经手费更高，北交所0.125‰双边，沪深仅0.0341‰双边，这是北交所交易成本高于沪深的主要原因。过户费方面，北交所双向收取，沪深仅沪市收取、深市免收，费率相同。印花税标准一致，均为卖出万5。投资者参与北交所交易，除关注标的基本面，还需提前与券商确认佣金费率，选择全佣模式并争取低佣，最大化降低交易成本。
